До складу інституту входять 25 науково-дослідних та 33 клінічних підрозділів, 6 наукових лабораторій, 6 клінічних лабораторій, 3 медичних центри та 6 консультативні підрозділи. Інститут нараховує 1043 співробітників. Науковий потенціал інституту – це 224 наукових співробітників, серед них 49 доктор наук (1 академік НАМН України, 3 член-кореспонденти НАМН України, 22 професори), 126 кандидатів медичних наук. В інституті працюють: 5 – Лауреатів Державних премій, 7 – Заслужених діячів науки і техніки України та 16- Заслужених лікарів України. За наукові досягнення вченими інституту отримано: 5 – Державних премій України та 15 – премій НАМН України.

Клінічну базу інституту складають дитячі клініки на 200 ліжок та акушерсько-гінекологічні клініки на 300 ліжок. Крім того функціонують дитяча поліклініка, жіноча консультація, медико-генетична консультація, кабінет проблем здоров’я жінки, центр планування сім’ї, кабінет здорової дитини. В клініках інституту працює 158 лікарів.