Завідуюча науковою бібліотекою – Ципкун Валентина Миколаївна
Наукова бібліотека була створена в 1929 році на базі особистої бібліотеки професора Є.Л.Скловського. З 1944 по 1984 р.р. очолювала бібліотеку Голубніча Ганна Семенівна.
Обслуговує співробітників інституту, а також працівників інших медичних установ, які за специфікою своєї діяльності мають потребу в медичній літературі за профілем інституту. Довідково-інформаційний фонд налічує понад сорок тисяч примірників і складається з книг, періодичних видань, дисертацій, авторефератів дисертацій, методичних рекомендацій. Комплектування фонду проводиться з урахуванням основних напрямків науково-дослідної діяльності інституту по актуальним проблемам охорони здоров’я жінки матері, новонародженого та вікових особливостей дитячого організму в нормі та патології.
Бібліотека щороку передплачує понад сорок назв журналів України та Росії. Довідково-бібліографічний апарат включає каталоги: алфавітний, систематичний, предметний. Предметний каталог дає змогу оперативно здійснювати пошук документів за тематикою наукових тем, що виконуються в інституті. Він включає статті із журналів та збірників, які предметизовані по 195 рубрикам каталога; та картотеки-“Вплив шкідливих факторів довкілля та виробництва на репродуктивну функцію жінок, плід, новонародженого та дітей” (з 1991 р.), “Вплив іонізуючого випромінення на організм жінки, матері, плода та дитини (з 1991 р.), “ВІЛ/СНІД та репродуктивне здоров’я жінки, вагітність, новонародженний, дитина” (з 2000 р.), “Ендокринна патологія: вагітність, стан плода, новонародженного та дитини” (з 2000 р.), “Здорова дитина” (з 2000 р.), “Доказова медицина” (з 2004 р.).
Надає консультації, письмові довідки, проводить класифікацію по УДК.