Клінічну базу інституту складають дитячі клініки на 200 ліжок та акушерсько-гінекологічні клініки на 300 ліжок. Крім того функціонують дитяча поліклініка, жіноча консультація, медико-генетична консультація, кабінет<<проблем здоров’я жінки>>, <<центр планування сім’ї>>,<<центр здоров’я сім’ї>>.
Клінічні підрозділи:
Педіатричні підрозділи:
Центр з діагностикою медикаментозної алергії у дітей та жінок
Інфекційно-боксоване відділення для дітей молодшого віку з палатою патології новонародженних
Відділення торако-абдомінальної хірургії вад розвитку у новонароджених і дітей старшого віку
Відділення дитячої гастроентерології з Центром дитячої гепатології
Клініко-діагностичне відділення
Відділення дитячої урогінекології
Відділення дитячої пульмонології та алергології з кабінетом бронхоскопічних досліджень
Відділення психоневрології для дітей перших трьох років з перинатальними ураженнями нервової системи
Відділення відновлювального лікування та реабілітації для хворих жінок та дітей
Акушерсько-гінекологічні підрозділи:
Відділення проблем здоров’я жінки фертильного віку
Пологове відділення для вагітних з захворюваннями серцево-судинної системи
Операційне відділення для гінекологічних хворих
Відділення реанімації та інтенсивної терапії новонароджених та недоношених дітей
Пологове відділення для вагітних з акушерською паталогією з кабінетом УЗД
Операційне відділення акушерських клінік
Відділення профілактики та лікування гнійно-запальних захворювань в акушерстві
Відділення планування сім‘ї та оперативної реабілітаціі репродуктивної функії жінок
Відділення анестезіології з палатами для реанімації та інтенсивної терапії для вагітних
Відділення фізіології та патології новонароджених та недоношених дітей
Пологове відділення для вагітних з ендокринною патологією та вадами розвитку плода
Відділення оперативної гінекології
Кабінет «Охорони здоров’я жінки та малих інвазивних методів лікування гінекологічних хворих»
Кабінет ендокринної гінекології
Консультативні та організаційні підрозділи:
Центр психосоматики та психотерапії дітей та жінок
Центр збереження здоров’я здорової жінки
Методично-організаційний центр впровадження стратегії інтегрованого ведення хвороб дитячого віку
Центр підтримки лактації та грудного вигодування
Діагностичні підрозділи:
Відділення промевої діагностики та пренатальної кардіології
Підрозділи лабораторно-експериментальних досліджень:
Лабораторія патологічної фізіології та клінічної фармакології
Лабораторія імунології з групою вірусології
Лабораторія ендокринології з групою біохімії
Лабораторія обміну речовин у дітей