Керівник відділення захворювань органів дихання у дітей академік НАМН України, професор, доктор медичних наук, директор інституту, академік НАМН України, Заслужений діяч науки і техніки України, Лауреат Державної премії в галузі науки і техніки України, президент Асоціації педіатрів України Антипкін Юрій Геннадійович
Керівник наукової групи проблем алергії та імунореабілітації дітей, заступник директора інституту з лікувально-профілактичної роботи, професор, доктор медичних наук Лапшин Володимир Федорович
Керівник відділення проблем харчування та соматичних захворювань у дітей раннього віку професор, доктор медичних наук Шадрін Олег Геннадійович
Керівник відділення хірургічної корекції вад розвитку у дітей, доктор медичних наук, професор Слєпов Олексій Костянтинович
Керівник вiддiлення хвороб сполучної тканини у дiтей з групою психосоматики і психотерапії дітей та вагітних жінок, доктор медичних наук, професор, Заслужений діяч науки і техніки України Омельченко Людмила Іванівна
Керівник віддiлення проблем здоров’я жiнки фертильного вiку, заступник директора інституту з наукової роботи, доктор медичних наук, професор, Заслужений діяч науки і техніки України Подольський Василь Васильович
Керівник вiддiлення ендокринноï гiнекологiï з науковою групою вивчення сучасних технологій репродуктивної медицини, заступник директора інституту з наукової роботи, член-кореспондент НАМН України, доктор медичних наук, професор Татарчук Тетяна Феофанівна
Керівник відділення оперативної гінекології, заступник директора інституту з науково-організаційної роботи, доктор медичних наук, професор Дронова Вікторія Леонідівна