Адміністрація інституту:
Дирекція інституту
Головний лікар
Вчений секретар
Головний бухгалтер
Аппарат управління:
Планово-економічний відділ
Відділ кадрів
Бухгалтерія
Канцелярія
Інженерна частина
Науково-дослідні підрозділи:
Підрозділи профілактики та терапії дитячих захворювань:
Відділення захворювань органів дихання у дітей та респіраторних алергозів у дітей
Відділення проблем харчування та соматичних захворювань у дітей раннього віку
Відділення хірургічної корекції вад розвитку у дітей
Відділення проблем захворювань органів травлення у дітей
Відділення хвороб сполучної тканини у дітей
Відділення медичних проблем здорової дитини та преморбідних станів
Відділення психоневрології для дітей з пеританальною патологією та органними захворювання
Відділення дитячої гематології
Акушерські підрозділи:
Відділення проблем здоров’я жінки фертильного віку
Відділення внутрішньої патології вагітних
Відділення патології вагітності та пологів
Наукове відділення профілактики та лікування гнійнозапальних захворювань в акушерстві
Відділення акушерських проблем екстрагенітальної патології
Відділення наукових проблем невиношування вагітності
Гінекологічні підрозділи:
Відділення ендокринної гінекології
Відділення оперативної гінекології
Підрозділи лабораторно-експериментальних досліджень:
Лабораторія патологічної фізіології та клінічної фармакології
Лабораторія імунології з групою вірусології
Лабораторія ендокринології з групою біохімії
Лабораторія обміну речовин у дітей
Клінічні підрозділи:
Педіатричні
Алергоцентр з діагностикою медикаментозної алергії у дітей та жінок
Інфекційно-боксоване відділення дітей молодшого віку з палатами новонароджених
Відділення торакоабдомінальної хірургії вад розвитку у новонароджених і дітей старшого віку
Відділення дитячої гастроентерології з Центром дитячої гепатології
Клініко-діагностичне відділення
Відділення дитячої урогінекології
Відділення психоневрології для дітей перших трьох років з перинатальними ураженнями нервової системи
Відділення відновлювального лікування хворих із захворюваннями нервової і серцево-судинної системи, органів дихання і травлення, з кабінетами фітотерапії і гомеопатії
Акушерські
Відділення проблем здоров’я жінки фертильного віку
Пологове відділення для вагітних з захворюваннями серцево-судинної системи
Операційне відділення для гінекологічних хворих
Відділення реанімації та інтенсивної терапії новонароджених та недоношених дітей
Пологове відділення для вагітних з акушерською патологією
Операційне відділення акушерських клінік
Відділення профілактики та лікування гнійно-запальних захворювань в акушерстві
Відділення планування сім‘ї та оперативної реабілітаціі репродуктивної функії жінок
Відділення анестезіології з палатами для реанімації та інтенсивної терапії для вагітних
Відділення фізіології та патології новонароджених та недоношених дітей
Пологове відділення для вагітних з ендокринною патологією та вадами розвитку плода
Відділення оперативної гінекології
Консультативні та організаційні підрозділи:
Центр психосоматики та психотерапії дітей та жінок
Центр збереження здоров’я здорової жінки
Методично-організаційний центр впровадження стратегії інтегрованого ведення хвороб дитячого віку
Центр підтримки лактації та грудного вигодування
Діагностичні підрозділи:
Відділення промевої діагностики та пренатальної кардіології
Науково-організаційні та інформаційні підрозділи:
Наукове відділення медико-інформаційних технологій в педіатрії, акушерстві та гінекології
Відділення наукових проблем організації медичної допомоги дітям і матерям
Відділення медичних та психо-соціальних проблем здоров’я сім’ї