Інститут є головною установою з експертно-проблемної комісії МОЗ і НАМН України “Педіатрія”, яка координує планування наукової роботи та підготовки наукових і науково-педагогічних кадрів в профільних інститутах та науково-дослідних робіт на кафедрах медичних вищих учбових закладів нашої держави.
Педіатричні
Клініко-діагностичне відділення;
Інфекційно-боксоване відділення дітей молодшого віку з палатами новонароджених;
Відділення дитячої гастроентерології з Центром дитячої гепатології;
Відділення дитячої пульмонології та алергології з кабінетом бронхоскопічних досліджень;
Відділення дитячої урогінекології;
Відділення торакоабдомінальної хірургії вад розвитку у новонароджених і дітей старшого віку;
Відділення анестезіології з палатами для реанімації та інтенсивної терапії дитячих відділень;
Кабінет проблем здорової дитини;
Відділення відновлювального лікування та реабілітації для хворих жінок та дітей.