Склад Вченої ради вибирається загальними зборами наукових співробітників інституту.

Голова Вченої ради -радник директора інституту, доктор медичних наук, професор, академік НАН і АМН України, академік РАМ, академік Американської педіатричної академії О.М.Лук'янова.

Вчений секретар інституту - кандидат мед.наук,старший науковий співроб. В.С.Березенко.

Склад Вченої ради затверджено Президією АМН України у кількості 32 членів (постанова Президії АМН України №4/2 від 05.04.2004р.). До складу Вченої ради входять провідні науковці інституту - завідуючі науковими відділеннями та лабораторіями.