Керівник- доктор медичних наук, професор Знаменська Тетяна Костянтинiвна (1994 р.).
Завідувач клінічної бази- Счаслива Валентина Олександрівна (з 1983 року)
Відділення фізіології і патології новонароджених, затверджене в структурі інституту з квітня 1965 р., входило до складу акушерського відділу, а потім - відділу екстрагенітальної патології вагітних (з 1975). З 1985 р. у відділенні фізіології і патології новонароджених виділене відділення реанімації і інтенсивної терапії на 9 реанімаційних ліжок.
З 1965 по 1973 р. відділенням керувала д.м.н., професор А.М.Хвуль, а потім - д.м.н. К.М .Васильєва, к.м.н. Мартиненко Л.Г., з 1994 р. по теперішній час - д.м.н., професор Т.К. Знаменська.
Співробітниками відділення опубліковано більше 400 наукових праць, 7 методичних рекомендацій, 23 інформаційних листи, внесено 20 раціоналізаторських пропозицій, отримано 12 авторських свідоцтв. У відділенні захищено 5 докторських і 18 кандидатських дисертацій. На теперішній час у відділенні працює 4 доктора медичних наук, 3 кандидати наук (4 старших і 1 головний співробітник) і 6 лікарів вищої і першої категорії.
Основні напрями наукової та практичної діяльності:
- розробка нових технологій надання медичної допомоги дітям від матерів з екстрагенітальною патологією;
- вивчення формування біоценозу у новонароджених, профілактика і лікування його порушень;
- прогнозування, профілактика і лікування геморагічних ускладнень у дітей від матерів з екстрагенітальною патологією;
- прогнозування, профілактика і лікування перинатальних гіпоксичних метаболічних пошкоджень у дітей від матерів з невиношуванням різної етіології, а також від матерів з екстрагенітальною патологією;
- пренатальна та неонатальна діагностика вроджених та спадкових аномалій;
- розробка нових технологій діагностики, профілактики та лікування дітей від матерів, інфікованих TORCH-інфекцією;
- розробка нових технологій діагностики, профілактики та лікування перинатальних пошкоджень ЦНС.
В результаті проведених у відділенні неонатології багаторічних досліджень:
- розроблено 3-х етапний комплекс організаційних, лікувально-профілактичних і реабілітаційних заходів для новонароджених з екстрагенітальною патологією.
- запропоновані критерії ранньої діагностики порушень метаболічної адаптації, порушень системи гемостазу, внутрішньоутробного інфікування;
- розроблено метод експрес-діагностики стану системи гемостазу;
- розроблено метод експрес-діагностики внутрішньоутробного інфікування ЦМВ та вірусом простого герпесу 2 типу (дослідження відбитків плацент),
- сумісно з відділенням медицини плода розроблені алгоритми обстеження дітей з вродженою та спадковою патологією в неонатальному періоді,
- виходжування новонароджених від матерів з акушерською та екстрагенітальною патологією, інфікованих TORCH-інфекцією;
- рання діагностика різних патологічних станів періоду новонародженості;
- діагностика перинатальних пошкоджень ЦНС.
Впровадження результатів наукових розробок сприяло зниженню захворюваності та смертності новонароджених.
Результати наукових досліджень співробітники відділення щорічно доповідають на наукових конференціях, конгресах, з'їздах в Україні та за кордоном.
Співробітники відділення проводять виїзні тематичні цикли лекцій з актуальних питань перинатології та неонатології. Відділення є провідником програми "Мати-кенгуру" в Україні.
Співробітниками відділення спільно з органами охорони здоров'я м.Києва організована і щорічно проводиться школа неонатологів. Співробітники приймають активну участь у розробці протоколів МОЗ України по виходжуванню новонароджених.